Han var en Søn af Professor medicinæ i Rostock Heinrich P. og Catharina f. Papk. Hans Bedstefader,
efter hvem han bar Navnet Simon, var Professor theologiæ sammesteds. Han fødtes i Rostock 6. April
1603, men kom allerede det følgende Aar til Danmark, i det Faderen blev Livlæge hos Enkedronning
Sophie i Nykjøbing paa Falster. Faderen døde her 1610, og Enken rejste da med Sønnen tilbage til
Meklenborg. Efter Skolegang i Giistrow deponerede han 1621 ved Rostocks Universitet, hvor han
derpaa studerede de forskjellige Videnskabsfag og særlig Botanik og Anatomi. Den danske
Enkedronning interesserede sig for ham og understøttede ham baade i hans Studietid i Rostock og
under en Studierejse, han 1623-24 foretog til Holland, hvor han gjorde længere Ophold i Leiden, til
Belgien og England. Tilbagevendt til Rostock studerede han her særlig Kemi under Vejledning af
Professor Jacob Fabricius. 1626 kom han tilbage til Danmark og blev ved Enkedronningens Anbefaling
Hovmester for nogle unge Adelsmænd paa Sorø Akademi, hvor han samtidig drev botaniske Studier under
Vejledning af Joachim Burser. Tillige fik han Undervisning i Mathematik af Thomas Fincke i
Kjøbenhavn. 1629 forlod han atter Danmark, rejste til Frankrig og tog Ophold i Paris, hvor han
navnlig øvede sig i anatomiske Dissektioner hos Riolan, hvis Yndest han vandt. 1630 drog han til
Tyskland og fik s. A. i Wittenberg den medicinske Doktorgrad. Her synes hans Udnævnelse til
Professor som Successor af den gamle Sennert at have været paa Tale, men der blev dog intet deraf,
og han gik da videre til Lybek, hvor han 1631 begyndte at praktisere som Læge. 1632 fik han en
Kaldelse til et medicinsk Professorat i Rostock, men overtog først 1635 dette Embede og ægtede s.
A. sin tidligere Lærer Fabricius' Datter Elisabeth, med hvem han fik en stor Børneflok. Han
arbejdede her flittig i Botanikken og forberedte Udgivelsen af sit første større Skrift,
«Qvadripartitum botanicum» (1640). Men Forholdene vare i Rostock under Trediveaarskrigen meget
lidet tilfredsstillende, Regeringen var ikke i Stand til at betale Professorerne deres Lønning, og
han vendte da paa ny sin Hu til sit andet Fædreland, Danmark, hvor han efter Enkedronningens Død
havde en ny Støtte i sin Svigerfader, der 1637 var bleven kongl. Livlæge. Efter at P. havde gjort
et forgjæves Forsøg paa at blive antagen som Læge hos den svagelige Prins Christian, lykkedes det
ham 1639 at erholde Kaldsbrev til et extraordinært Professorat ved Kjøbenhavns Universitet i
Anatomi, Botanik og Kirurgi med en Løn af 200 Rdl. fra Kongens Kasse. Ansættelsen var Udtryk for
den reformatoriske Bestræbelse hos Regeringen, dervar kommen frem i de 1621 emanerede «Novellæ
constitutiones» og den dertil knyttede «Ordinatio lectionum» ved Universitetet. Man vilde have den
akademiske og særlig den medicinske Undervisning ud af det gamle skolastiske Spor og ind paa mere
frugtbringende praktiske Baner, og dette Program skulde P. nu virkeliggjøre, medens Fakultetets
ordinære Professorer ud fra deres konservativ-lærde Standpunkt stillede sig uvillig dertil. P. var
derfor ogsaa ansat af Kongen og Kansleren,uden at det akademiske Senat var hørt. Dette maatte
bevirke, at P. blev alt andet end velset ved Universitetet og i sit Fakultet. Særlig var Ole Worm,
hvis Yndlingsfag, Anatomi og Botanik, den nye, Universitetet paatvungne Professor oven iKjøbet
skulde docere, i høj Grad uvenlig stemt, hvad der noksom fremgaar af hans Breve. Han udtaler sig
ikke blot med Ringeagt om P. som Docent, men sværter ham -- uden fyldestgjørende Begrundelse -- som
en Person, hvis Hovedegenskab skulde være smaalig Gjerrighed, og som for at tilfredsstille denne
Lidenskab søgte at indynde sig hos Magthaverne. Worms Uvilje gaar baade ud over P. selv og
Svigerfaderen, hvem Ansættelsen nok nærmest skyldtes. Men P. var nu ogsaa i hele sin videnskabelige
Personlighed aabenbart grundforskjellig fra Worm. I Modsætning til dennes tunge, gammeldagslærde
Grundighed viser han en vis Ubekymrethed om alt det theoretiske og fundamentale, tager med let
Haand paa alt, interesserer sig i Anatomien nærmest kun for den mere tekniske Side, navnlig for
Skelettering, i hvilken han med en vis rask Selvros praler af at have gjort vigtige Opfindelser.
Han havde aabenbart heller ikke nogen Betænkelighed ved at følge det ham i «Ordinatio lectionum»
anviste Program for Undervisningen og beredte sig frejdig paa at docere ogsaa for ulærde Disciple
-- Farmacevter og Barberer -- i deres eget Sprog, noget, Worm og hans Kreds forargede havde afvist
som værende «Medicorum Ære for nær». Denne hans Uhildethed og Mangel paa Hensyn til den lærde
Tradition maatte yderligere forøge Uviljen mod ham. Henimod Slutningen af 1640 holdt han sin
Tiltrædelsestale, hvori han i veltalende Vendinger priser sig lykkelig ved at være kommen til
Danmark, et Land, han skylder alt og kan anse som sit Fædreland, og begyndte derpaa sine anatomiske
Forelæsninger under Hindringer og Vanskeligheder, som det akademiske Senat stillede ham i Vejen, i
et lille, meget uhensigtsmæssigt Avditorium. Men den gode Støtte, han havde i
Regeringsmyndighederne, gav sig snart Udslag i Oprettelsen for ham af et smukt anatomisk Theater i
det saakaldte gamle Avditorium paa Frue Plads. 1643 var dette saa vidt færdigt, at han i etlille
Skrift kunde slaa til Lyd for den nye Æra, som nu skulde oprinde. 1644 udsendte han et Program, der
bebuder offentlige anatomiske Demonstrationer i Theatret; men vistnok ved fortsatte Hindringer fra
Senatets Side kunde han først bringe dem til Udførelse i Foraaret 1645. De til Demonstrationerne
udstedte Adgangstegn til en noget høj Betaling fremhævedes som et Bevis paa hans Pengebegjærlighed,
skjønt han dog heri nærmest kun fulgte en ved tyske Universiteter hjemlet Skik. Efter at han i
dette Foraar med sædvanlig Pomp havde demonstreret Dissektionen af et kvindeligt og et mandligt
Lig, forlyder der intet om nogen saadan Virksomhed fra hans Side i de følgende Vinterhalvaar. At
han ikke har været meget ivrig med Fortsættelsen af sin anatomiske Undervisning, er sikkert nok, og
for saa vidt er Worms nedsættende Ytringer om ham som Docent ikke ubegrundede. Overhovedet synes
Anatomien som Videnskabsfag ikke at have interesseret ham i nogen dybereGrad, medens derimod
Botanikken var det Yndlingsfag, som han altid helst viede sig baade litterært og til Undervisning
af de unge, hvad ogsaa Udtalelser af ham selv vidne om. Men i øvrigt var han i disse Aar stærkt
optagen af anden Virksomhed; han fungerede saaledes som Stadsfysikus -- i hvilken Stilling Worm
beskylder ham for at have gjort sig skyldig i Pengeafpresning af Apothekerne --, og desuden vare,
hvad Lektionskatalogerne fremhæve, hans Tid og Arbejdskraft optagne afUdarbejdelsen af hans store,
rigt illustrerede Pragtværk «Flora Danica» og af en tysk Oversættelse af Bartholins anatomiske
Haandbog, der skulde benyttes af de ulærde studerende. Denne, hvis egentlige Udarbejdelse for
øvrigt besørgedes af hans Discipel Kirstein, blev fuldført 1648 og vidner om, at han ikke var
nogen, egentlig anatomisk Videnskabsmand. Skjønt en Udgave af Bartholins Anatomi den Gang for
længst forelaa, i hvilken Harveys banebrydende Lære om Blodcirkulationen fremstilles, udelader han
dog ganske dette Afsnit af sin Oversættelse og viser sig i det hele fuldstændig uberørt af hele den
store videnskabelige Bevægelse paa Anatomiens og Fysiologiens Omraade, som henved Aarhundredets
Midte satte alle Læge- og Naturvidenskabens Mænd i den stærkeste Bevægelse. Ved denne ringe
videnskabelige Interesse faldt det ham maaske heller ikke særlig tungt i 1648 at afgive sin
akademiske Lærestol til den unge, aktive Medbejler Thomas Bartholin. Han kunde nu ganske frit leve
for sine kjære botaniske Sysler, han kunde forsones med sine akademiske Kolleger, og pekuniær
Erstatning for Tabet af Embedet fik han ved et Kanonikat i Aarhus. 1650 blev han end videre udnævnt
til Hofmedikus, 1656 til kongl. Livmedikus. 1666 fik han, som yderligere Forøgelse af sin Lønning
et Prælatur i Aarhus med Løfte om, at det ogsaa skulde tilfalde hans Arvinger. Den sidste Del af
sit Liv henlevede saaledes P. i et vist Otium. Han fremkom med smaa litterære Meddelelser, til Dels
trykte i Bartholins «Acta medica», udgav end videre 1667 sit «Qvadripartitum» i Strasburg og
Kjøbenhavn i en ny, udvidet og smukt udstyret Udgave. Dets Titelbillede viser Forfatteren i
knælende Stilling foran Kongen, hvem han overrækker Værket med Paaskrift: «Deo-Regi» - denne
unægtelig vidt drevne, men til Tiden hørende Smiger have hans Fjender ogsaa bebrejdet ham og ladet
den fremgaa af uværdige Motiver. Det var ikke blot litterært, at han vedblev at dyrke sin kjære
Botanik, men ogsaa sin Undervisning deri fortsatte han frivillig efter Afskedigelsen fra
Universitetet. Lige til den høje Alder var han utrættelig i Foretagelsen af Exkursioner med
Disciple, hvorom flere af disse og navnlig Oluf Borch med Taknemmelighed vidne. Han hørte først op
dermed, da han under en saadan Udflugt 1661 i Omegnen af Christiania, hvor han opholdt sig som
Livlæge hos Kronprinsen, ved et Fald fra en Klippe paadrog sig en alvorlig Beskadigelse af det ene
Ben. Men selve de botaniske Demonstrationer opgav han heller ikke nu; han lod derefter de unge
komme til sig i sit Hjem, hvor han vejledede dem i Bestemmelsen af de indsamlede Planter og
foreviste dem sit store Herbarium. Til Minde om hans botaniske Fortjenester kaldte Linné en
Planteslægt «Paullinia». 23. April 1680 døde han. Efter sin første Hustrus Død (1656) ægtede han
1657 Anne Dideriksdatter Bartsker, Enke efter Raadmand i Kjøbenhavn Laurids Mikkelse
n Tunge og Datter af en Raadmand sammesteds. Dette Ægteskab var barnløst.